Consiliul de Conducere are in principal urmatoarele atributii:

Consiliul de conducere îndeplineşte, în principal, următoarele atribuţii şi competenţe, în conformitate cu reglementările în vigoare:
a) aprobă regulamentul propriu de organizare şi funcţionare;
b) aprobă regulamentul intern al AGIFER;
c) aprobă strategia de dezvoltare sau de modernizare a AGIFER;
d) propune spre aprobare ministrului transporturilor structura organizatorică a AGIFER sau, după caz, modificarea acesteia;
e) aprobă raportul anual al activităţilor desfăşurate de AGIFER pentru trimiterea acestuia la Agenţia Feroviară Europeană;
f) asigură negocierea contractului colectiv de muncă cu reprezentanţii salariaţilor, în condiţiile legii;
g) avizează proiectul de buget de venituri şi cheltuieli, asigură execuţia acestuia după aprobare şi stabileşte măsuri pentru desfăşurarea activităţii în condiţii de echilibrare a bugetului;
h) aprobă investiţiile ce urmează a se realiza de către AGIFER în condiţiile legii;
i) avizează majorarea sau diminuarea patrimoniului AGIFER, în condiţiile legii;
j) stabileşte şi supune spre aprobare ministrului transporturilor tarifele pentru prestaţiile de servicii;
k) aprobă închirierea de clădiri, spaţii şi terenuri ale AGIFER;
l) avizează, în condiţiile prevăzute de actele normative în vigoare, scoaterea din funcţiune şi valorificarea bunurilor din patrimoniul AGIFER, cu aprobarea prealabilă a ordonatorului principal de credite;
m) exercită orice atribuţii care îi revin potrivit actelor normative în vigoare.